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方法比较

二维分子指纹与三维形状搜索，为什么不能只选分数更高的一种

二维方法关注片段与连接，三维方法关注空间轮廓；两种分数回答的问题并不相同。

二维指纹把结构变成可比较的片段

二维分子指纹通常记录原子环境、子结构或路径是否出现，再用相似系数比较位向量。它计算快、数据库覆盖广，适合从已知配体附近寻找共享化学片段。

局限是立体构象与空间方向被大幅压缩。两个分子拥有相似片段，不代表它们在结合位点中呈现相同形状。

三维形状依赖构象准备

三维比较关注体积、药效特征和空间重叠，但一个分子可能拥有多个合理构象。构象生成、质子化状态和对齐方法都会改变相似度。

分数较高时仍要检查使用的是哪一个构象，以及它是否在当前化学环境中合理。三维结果不是脱离准备过程的客观常数。

混合方法的价值来自互补

HybridSim一类方法尝试结合二维片段与三维形状。组合并非保证每个项目都更好，权重、数据库和目标类型仍需独立验证。

最实用的阅读方式是分别保留二维与三维分数，再观察候选为何被排到前面。一个综合分数若无法拆解，很容易隐藏方法之间的冲突。

方法比较任务登记表

下面各项帮助团队把当前判断重新连接到设备、文件或模型条件。实际项目可以删减无关字段，但未知条件应明确标记，不要凭经验补齐。

项目复核理由处理方式
查询分子查询分子决定接收者能否还原当前条件，应与原始来源同时保存。缺少查询分子时，即使文件本身完整，也无法确认它是否属于当前任务。团队还应说明查询分子由谁产生、在什么阶段冻结，以及后续哪些结果依赖这项记录。写入来源清单，并与原始对象使用同一任务编号。
标准化结构当标准化结构发生变化时，保留前后版本与原因，避免把方法变化误写成样本变化。比较结果前先确定两侧使用的是同一标准化结构条件。若两份标准化结构无法统一，应分别报告对应条件下的结果，而不是合并成一个平均结论。安排另一位成员抽样核对，记录复核时间与结论。
立体化学立体化学无法确认时应标记未知范围，不用默认值隐藏资料缺口。未知的立体化学会降低结论等级，却比一个未经核实的确定答案更可靠。后续补齐信息时，应新增修订记录并说明它改变了哪些判断。保留旧值、新值和修改原因，不直接覆盖早期记录。
质子化状态复核质子化状态时要查看它和相邻步骤的关系，单独一个数值不足以支持结论。若两份质子化状态记录彼此冲突，应保留差异并回到产生环节核对。只有来源与时间顺序清楚以后，才决定哪一项进入正式版本。无法确认时暂停下游使用，并标出当前影响范围。
二维指纹二维指纹决定接收者能否还原当前条件，应与原始来源同时保存。缺少二维指纹时，即使文件本身完整，也无法确认它是否属于当前任务。团队还应说明二维指纹由谁产生、在什么阶段冻结，以及后续哪些结果依赖这项记录。写入来源清单，并与原始对象使用同一任务编号。
指纹半径当指纹半径发生变化时，保留前后版本与原因，避免把方法变化误写成样本变化。比较结果前先确定两侧使用的是同一指纹半径条件。若两份指纹半径无法统一，应分别报告对应条件下的结果，而不是合并成一个平均结论。安排另一位成员抽样核对，记录复核时间与结论。
相似系数相似系数无法确认时应标记未知范围，不用默认值隐藏资料缺口。未知的相似系数会降低结论等级，却比一个未经核实的确定答案更可靠。后续补齐信息时，应新增修订记录并说明它改变了哪些判断。保留旧值、新值和修改原因，不直接覆盖早期记录。
构象数量复核构象数量时要查看它和相邻步骤的关系，单独一个数值不足以支持结论。若两份构象数量记录彼此冲突，应保留差异并回到产生环节核对。只有来源与时间顺序清楚以后，才决定哪一项进入正式版本。无法确认时暂停下游使用，并标出当前影响范围。
构象能量构象能量决定接收者能否还原当前条件，应与原始来源同时保存。缺少构象能量时，即使文件本身完整，也无法确认它是否属于当前任务。团队还应说明构象能量由谁产生、在什么阶段冻结，以及后续哪些结果依赖这项记录。写入来源清单，并与原始对象使用同一任务编号。
三维对齐当三维对齐发生变化时，保留前后版本与原因，避免把方法变化误写成样本变化。比较结果前先确定两侧使用的是同一三维对齐条件。若两份三维对齐无法统一，应分别报告对应条件下的结果，而不是合并成一个平均结论。安排另一位成员抽样核对，记录复核时间与结论。
形状重叠形状重叠无法确认时应标记未知范围，不用默认值隐藏资料缺口。未知的形状重叠会降低结论等级，却比一个未经核实的确定答案更可靠。后续补齐信息时，应新增修订记录并说明它改变了哪些判断。保留旧值、新值和修改原因，不直接覆盖早期记录。
药效特征复核药效特征时要查看它和相邻步骤的关系，单独一个数值不足以支持结论。若两份药效特征记录彼此冲突，应保留差异并回到产生环节核对。只有来源与时间顺序清楚以后，才决定哪一项进入正式版本。无法确认时暂停下游使用，并标出当前影响范围。
组合权重组合权重决定接收者能否还原当前条件，应与原始来源同时保存。缺少组合权重时，即使文件本身完整，也无法确认它是否属于当前任务。团队还应说明组合权重由谁产生、在什么阶段冻结，以及后续哪些结果依赖这项记录。写入来源清单，并与原始对象使用同一任务编号。
候选排名当候选排名发生变化时，保留前后版本与原因，避免把方法变化误写成样本变化。比较结果前先确定两侧使用的是同一候选排名条件。若两份候选排名无法统一，应分别报告对应条件下的结果，而不是合并成一个平均结论。安排另一位成员抽样核对，记录复核时间与结论。
冲突候选冲突候选无法确认时应标记未知范围，不用默认值隐藏资料缺口。未知的冲突候选会降低结论等级，却比一个未经核实的确定答案更可靠。后续补齐信息时，应新增修订记录并说明它改变了哪些判断。保留旧值、新值和修改原因，不直接覆盖早期记录。
验证集合复核验证集合时要查看它和相邻步骤的关系，单独一个数值不足以支持结论。若两份验证集合记录彼此冲突，应保留差异并回到产生环节核对。只有来源与时间顺序清楚以后，才决定哪一项进入正式版本。无法确认时暂停下游使用，并标出当前影响范围。
本文讨论一般研究与设备方法，不提供医疗诊断，也不代表旧科研工具仍在运行。涉及正式项目时，应以当前软件说明、数据授权和专业审查为准。

需要把模型条件放进实际交接时，可参考国际任务指南；设备与文件来源问题则见客户端下载说明。

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